На сегодняшний день существует множество методов идентификации ГМО/ГМИ растительного происхождения. Все эти методы можно разделить на три основные группы: химические, иммунологические и метод ПЦР.

Химические методы основаны на выявлении соединений, которые синтезируются в ГМ-растениях. Например, данный метод может использоваться для идентификации ГМ-сои, у которой в результате модификации произошло изменение в жирнокислотном составе липидов.

Иммуноферментные методы основаны на использовании антител, специфичных к белкам, которые синтезируются только в ГМ-растениях и отсутствуют в немодифицированных.

Метод ПЦР, в свою очередь, основан на обнаружении определенных нуклеотидных последовательностей ДНК. Для трансформации растений используют различные трансгены и регуляторные элементы в разных комбинациях. При использовании специфичных праймеров можно выявлять наличие в образце данных трансгенов и регуляторных элементов. Также метод ПЦР в «реальном времени» позволяет идентифицировать несколько мишеней в одной пробирке, что упрощает и ускоряет анализ.

Уникальность метода ПЦР по сравнению с остальными методами заключается в том, что с его помощью можно анализировать любой тип материала, будь то вегетативные части растений, семенной материал или многокомпонентные продукты питания и корма.